Центр был создан в мае 2004 г. при поддержке мэрии, областной администрации и ФСКН.

В настоящее время в рамках центра предусмотрено проживание в загородных домах, а в городе функционирует адаптационная квартира для прошедших реабилитацию. Всего в общинах ЕРЦ живут около 30 человек.

Реабилитационный Центр начинал свою деятельность в 2004 г. с одной общины в Мошковском районе Новосибирской области, где сначала был один деревнский дом и около 20 соток земли. Был построен скотный двор, вместимостью 30—40 голов и заведено хозяйство.

В феврале 2005 году новосибирской епархией в этой же деревне для центра был приобретён ещё один дом с участком площадью около 1 Га.

Руками реабилитантов в доме был сделан ремонт, проведено отопление.

В июне 2008 года была открыта ещё одна община в Ордынском районе Новосибирской области на подворье Михайло-Архангельского монастыря, где ребята живут при храме, занимаются его благоустройством и также ведут подсобное хозяйство.

В августе 2008 года по благословению Епархии в Искитимском районе Новосибирской области на святом источнике, куда приезжает множество паломников, поселились несколько реабилитантов. Они ухаживают и благоустраивают это место, помогают в строительстве местного храма. В настоящее время расширяется жилплощадь, чтобы в доме могло жить больше народа.

Февраль 2009 года — открылся ещё один центр в Новосибирском районе, где располагается епархиальное хозяйство. Ребята живут на пасеке, занимаются разведением пчёл, работают на ферме.

Май 2009 — открыта женская община. Сейчас в ней живут 3 и ещё будут приняты на поселение 3 — 5 девушек. В дальнейшем предполагается их активное участие в подготовке и проведении всех мероприятий Реабилитационного Центра.